Um 1100 n. Chr. hatte das Benediktinerkloster Wiblingen Besitzanteile im Dorf, die das Kloster später unter seine Grundherrschaft brachte. Verwaltet wurde der Besitz durch das Amt Aufheim, zu dem auch Höfe in Holzschwang, Gerlenhofen und Hittistetten zählten.
Die erste urkundliche Erwähnung stammt vom 22. Oktober 1333. Der damalige Pfarrer von Aufheim wirkte als Zeuge bei einem Grundstückskauf mit. Im Untergeschoss stammt der Kirchturm aus der Zeit 1230-1250 und ist damit der älteste erhaltene Rest eines Kirchenbaus im gesamten Landkreis Neu-Ulm.

Kaiser Maximilian verkaufte im Jahre 1507 die Herrschaft Kirchberg an den Augsburger Bürger Jakob Fugger den Reichen, wodurch 1508 das Patronatsrecht an die Fugger (von Kirchberg und zu Weißenhorn) überging, die es bis heute ausüben. 1697 erbaute die Abtei Wiblingen ein neues Amtshaus in Aufheim – den heutigen Gasthof Rößle. Die damaligen Kosten des heute noch bestehenden Fachwerkbaues beliefen sich auf 1382 Gulden und 9 Kreuzer. Amtmann in Aufheim war zu jener Zeit Paul Ötschmann, geboren in Haiming (Tirol). Er war Freskenmaler und schuf für den Herzog von Württemberg Fresken im Schloss Stetten im Remstal und die Deckenbilder im Kaisersaal vom Kloster Wettenhausen.

Im Jahr 1803 wurde von Napoleon die Leibeigenschaft aufgehoben. So wurde der rechts der Iller gelegene Besitz der bislang vorder-österreichischen Benediktinerabtei Wiblingen bayerisch. Das erste Schulhaus in Aufheim wurde dann 1817 erbaut. Im Jahr 1900 hatte Aufheim 272 Einwohner, 1965 zählte der Ort 566 Einwohner und 1977 schon nahezu 1500 Einwohner. Dies zeigt, dass Aufheim nicht nur mit der Geschichte des Raumes Senden eng
verbunden ist, sondern auch von der sprunghaften Entwicklung im Unteren Illertal betroffen war. Zum 1. Januar 1978 wurde die Gemeinde Aufheim in die Stadt Senden eingegliedert.